具备特定微生物和腐熟有机物料这两个要求，就可以制作生物有机肥料了。
1）直接添加法
1选择特定微生物菌种（粉）：可作为一种或者两种，最多不超过三种，因为菌种选择越多，相互之间争夺养分，相互“竞争”越激烈，直接导致添加效果的抵消。
2添加量的计算：依据国家生物自机肥料NY884-2012标准，玉溪颗粒有机肥，要求生物有机肥的有效活菌数应达到0.2亿／克，一吨有机物料中，应添加有效活菌数≥100亿/克的特定功能微生物菌种（粉）2公斤以上。如果特定功能微生物菌种（粉）有效菌数是10亿/克，则需要添加20公斤以上。以此类推。
3添加方法：将菌粉直接加入到发酵好的有机物料中，搅拌均匀包装即可。
4注意事项：①不要经100℃以上高温烘干，否则会功能菌。不烘干，必须烘干时，则应烘干后再添加。②由于种种原因，按标准计算方法配出的生物有机肥菌含量往往达不到理想数据，故在配制过程中，按高于理想数据10%以上添加功能微生物。
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生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
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一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），玉溪颗粒有机肥厂家，但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资。（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；（3） 生物虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长。（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
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